El término municipal de Bonares se encuentra situado en la parte Sur-Este de la provincia de Huelva. Ocupa una extensión de 64'51 Km². Linda al Norte con el término municipal de Niebla y el río Tinto; al Sur con el arroyo Don Gil; al Este con términos municipales de Rociana del Condado y Almonte; y al Oeste con el término municipal de Lucena del Puerto.

El núcleo urbano se encuentra localizado en la parte Norte del término, con una altitud de 81 m sobre el nivel del mar y a una distancia de 32 kms. de la capital de la provincia.

Todo el término municipal de Bonares está caracterizado por la sucesión de alcores. El mismo pueblo está ubicado entre alcores, circunstancia que produce la sensación de baja situación con respecto al nivel del mar. Este paisaje va perdiendo altitud hasta alcanzar los límites de la marisma, ya en las proximidades de San Juan del Puerto.